| 原创性声明和关于论文使用授权的说明 | 第1-4页 |
| 目录 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-15页 |
| 1．1 研究背景 | 第8-11页 |
| 1．2 研究历史和本文贡献 | 第11-12页 |
| 1．3 系统选用语言 | 第12-15页 |
| 1．3．1 Java语言的优点 | 第12-13页 |
| 1．3．2 Java Applet简述 | 第13页 |
| 1．3．3 选用Java Applet的原因 | 第13-15页 |
| 第二章 算法理论基础 | 第15-22页 |
| 2．1 断点图(BREAKPOINT GRAPH) | 第15-18页 |
| 2．2 交叉图(OVERLAP GRAGH) | 第18-19页 |
| 2．3 交叉图中的连通分支 | 第19-20页 |
| 2．4 篱笆分支(HURDLE) | 第20-22页 |
| 第三章 算法分析与流程 | 第22-26页 |
| 3．1 算法分析 | 第22-23页 |
| 3．2 系统流程 | 第23-26页 |
| 3．2．1 预处理基因数列 | 第23-24页 |
| 3．2．2 清除篱笆分支 | 第24页 |
| 3．2．3 安全翻转排序 | 第24页 |
| 3．2．4 流程图 | 第24-26页 |
| 第四章 系统设计 | 第26-45页 |
| 4．1 系统功能设计 | 第26-27页 |
| 4．1．1 单一数列处理功能 | 第26页 |
| 4．1．2 批处理功能 | 第26-27页 |
| 4．1．3 图形分析功能 | 第27页 |
| 4．1．4 帮助功能 | 第27页 |
| 4．2 系统类的设计 | 第27-38页 |
| 4．2．1 图形用户界面类 | 第27-32页 |
| 4．2．2 算法实现类 | 第32-38页 |
| 4．2．3 辅助类 | 第38页 |
| 4．3 图形界面设计 | 第38-45页 |
| 4．3．1 系统主界面 | 第38-39页 |
| 4．3．2 单一模式界面 | 第39-40页 |
| 4．3．3 批量模式界面 | 第40-41页 |
| 4．3．4 图形分析界面 | 第41-43页 |
| 4．3．5 帮助界面 | 第43-45页 |
| 第五章 重要模块的算法描述 | 第45-54页 |
| 5．1 构造连通分支列表 | 第45-46页 |
| 5．2 去除篱笆分支 | 第46-50页 |
| 5．2．1 查找篱笆分支 | 第46-48页 |
| 5．2．2 分类篱笆分支 | 第48页 |
| 5．2．3 清除篱笆分支 | 第48-50页 |
| 5．3 搜索幸运圈 | 第50-52页 |
| 5．4 寻找安全翻转 | 第52-54页 |
| 第六章 结论 | 第54-59页 |
| 6．1 系统分析 | 第54-56页 |
| 6．1．1 系统设计分析 | 第54页 |
| 6．1．2 系统环境分析 | 第54页 |
| 6．1．3 运行时间分析 | 第54-55页 |
| 6．1．4 翻转距离分析 | 第55-56页 |
| 6．2 系统存在的不足 | 第56-57页 |
| 6．3 未来的改进 | 第57-59页 |
| 6．3．1 用户图形界面 | 第57页 |
| 6．3．2 运行效率 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-62页 |