| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-26页 |
| 第一节 分子进化中描述核苷酸与蛋白质替换的数学模型 | 第9-17页 |
| ·核苷酸替换的数学模型 | 第9-12页 |
| ·P 距离模型 | 第9-10页 |
| ·Jukes-Cantor 模型 | 第10页 |
| ·Kimura 的双参数模型 | 第10-11页 |
| ·Tajima 和Nei的等输入模型 | 第11-12页 |
| ·HKY 模型 | 第12页 |
| ·通用模型 | 第12页 |
| ·氨基酸替换的数学模型 | 第12-14页 |
| ·P 距离模型 | 第12-13页 |
| ·伽马距离(Gamma)模型 | 第13页 |
| ·Dayhoff替换矩阵模型 | 第13-14页 |
| ·同义替换速率dS(synonymous substitution)和错义替换速率dN(synonymous substitution)的计算 | 第14-17页 |
| ·进化通路法(evolutionary pathway method) | 第14-15页 |
| ·基于Kimura 双参数模型的方法 | 第15-16页 |
| ·最大似然法 | 第16-17页 |
| 第二节 分子进化中对自然选择作用的检验方法概述 | 第17-26页 |
| ·利用种内多态性(polymorphism)的检测方法 | 第17-18页 |
| ·利用种间差异度(divergence)的检测方法 | 第18页 |
| ·同时利用种内多态与种间差异的检测方法 | 第18-19页 |
| ·基于系统进化树的检测方法 | 第19-24页 |
| ·利用Ka/Ks 作为检验自然选择作用的指示 | 第19-23页 |
| ·利用功能分歧相关系数(coefficient of functional divergence)作为指示的自然选择的检验 | 第23-24页 |
| ·其他检验自然选择作用的方法 | 第24-26页 |
| 第二章 实验研究 | 第26-40页 |
| 第一节 一种新的在核苷酸水平上对自然选择作用的检验方法 | 第26-32页 |
| ·本研究的设计思路 | 第26-27页 |
| ·模型与方法 | 第27-28页 |
| ·对序列的位点的进行分类 | 第27页 |
| ·中性替换速率的计算 | 第27页 |
| ·最大似然法估计未知参数 | 第27-28页 |
| ·似然比检验 | 第28页 |
| ·后验概率的计算 | 第28页 |
| ·结果与分析 | 第28-30页 |
| ·对蛋白编码基因的分析 | 第28-29页 |
| ·对非编码序列的分析 | 第29-30页 |
| ·问题与讨论 | 第30-32页 |
| ·对蛋白编码基因选择作用分析的有效性 | 第30-31页 |
| ·对非编码区选择作用分析的有效性 | 第31页 |
| ·存在的问题 | 第31-32页 |
| 第二节 人CDYL 基因中两个新外显子起源与进化的研究 | 第32-40页 |
| ·研究背景 | 第32页 |
| ·材料与方法 | 第32-36页 |
| ·实验材料 | 第32-33页 |
| ·人中新的编码外显子的鉴定 | 第33页 |
| ·通过近缘物种比较确定新外显子起源的精确的进化时间 | 第33页 |
| ·PCR 扩增和测序 | 第33-36页 |
| ·序列数据分析方法 | 第36页 |
| ·结果和分析 | 第36-39页 |
| ·新外显子的结构特征和起源方式 | 第36-37页 |
| ·新编码外显子在灵长类中起源的时间 | 第37页 |
| ·新外显子在人中发生快速的进化 | 第37-38页 |
| ·新外显子的群体遗传学分析 | 第38-39页 |
| ·讨论 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 附表1 | 第45-46页 |
| 附表2 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 作者简介 | 第48页 |
